Οι Έλληνες επιστήμονες ανέλυσαν δεδομένα NGS από κλινικά δείγματα, που είχαν ληφθεί από τρεις Κινέζους ασθενείς με Covid-19
Ο νέος κορωνοϊός SARS-CoV-2 εμφανίζει σημαντική ετερογένεια εντός του ξενιστή, ενώ είναι επιρρεπής σε γενετικούς ανασυνδυασμούς (αναστροφές και αναδιατάξεις του γονιδιώματός του), ένα φαινόμενο γνωστό για άλλους κορωνοϊούς, το οποίο αποτελεί -επίσης- κινητήρια εξελικτική δύναμη για πολλούς ακόμη ιούς.
Αυτό προκύπτει από διεθνώς πρωτοποριακή μελέτη επιστημόνων του Ελληνικού Ινστιτούτου Παστέρ (ΕΙΠ), σε συνεργασία με τον καθηγητή της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών Σωτήρη Τσιόδρα. Η μελέτη βρίσκεται υπό αξιολόγηση σε διεθνές επιστημονικό περιοδικό και η δημοσίευσή της αναμένεται το προσεχές διάστημα.
Η Μονάδα Βιοπληροφορικής και Εφαρμοσμένης Γενωμικής του ΕΙΠ, ανταποκρινόμενη στην ανάγκη για τον γενετικό χαρακτηρισμό του νέου κορονοϊού που προκαλεί τη νόσο Covid-19, προχώρησε στην ανάπτυξη βιοπληροφορικών αναλυτικών ροών, ειδικά προσαρμοσμένων στα χαρακτηριστικά του νέου ιού, με σκοπό την ανίχνευση σπάνιων γενετικών φαινομένων.
Οι Έλληνες ερευνητές έδειξαν, για πρώτη φορά διεθνώς, ότι ιικές παραλλαγές εμφανίζονται συνήθως σε χαμηλή συχνότητα (κάτω του 10%) και παίζουν καθοριστικό ρόλο στην ανάπτυξη νέων αντιικών φαρμάκων και εμβολίων, αλλά και στον σχεδιασμό των διαγνωστικών μεθόδων.
Η Μονάδα Βιοπληροφορικής και Εφαρμοσμένης Γενωμικής του Ελληνικού Ινστιτούτου Παστέρ αξιοποιεί τεχνολογίες αλληλούχισης επόμενης γενεάς («Next Generation Sequencing» -NGS), με τη βοήθεια των οποίων είναι σε θέση να αποκωδικοποιεί ταυτόχρονα την αλληλουχία εκατομμυρίων μορίων DNA και RNA, όπως το γενετικό υλικό των ιών.
Οι Έλληνες επιστήμονες ανέλυσαν δεδομένα NGS από κλινικά δείγματα, που είχαν ληφθεί από τρεις Κινέζους ασθενείς με Covid-19, και εντόπισαν στο γονιδίωμα του κορονοϊού μέσα στο σώμα των ασθενών δεκάδες μικρής ή μεγαλύτερης συχνότητας μονονουκλεοτιδικούς πολυμορφισμούς, οι οποίοι επηρέαζανπερίπου το 70% των γονιδίων του SARS-CoV-2 που κωδικοποιούν πρωτεΐνες.
Οι ερευνητές επισήμαναν την ποικιλομορφία και πλαστικότητα του κορωνοϊού μέσα στους ξενιστές και ανέδειξαν συγκεκριμένες περιοχές του γονιδιώματός του που είναι πιο επιρρεπείς σε μεταλλάξεις, όπως το γονίδιο S. Αυτό διευκολύνει τον ιό να ξεφεύγει από την ανοσιακή αντίδραση του ασθενούς, καθώς επίσης επηρεάζει την πιθανή αντίστασή του στα αντιικά φάρμακα, αλλά και την αποτελεσματικότητα των εμβολίων και των ορολογικών τεστ αντισωμάτων. Μελλοντικές μεγαλύτερες μελέτες και πειράματα θα δείξουν κατά πόσο αυτές οι ανεπαίσθητες μεταλλάξεις του κορονοϊού τού προσφέρουν κάποια πλεονεκτήματα.
Τη μελέτη για τον κορωνοϊό συνυπογράφουν, πλην του κ.Τσιόδρα, οι ερευνητές του ΕΙΠ Ανδρέας Μεντής (διευθυντής Ερευνών, προϊστάμενος Εργαστηρίου Ιατρικής Μικροβιολογίας), Τιμοκράτης Καραμήτρος, Γεσθημανή Παπαδοπούλου, Μαρία Μπούσαλη και Αναστάσιος Μέξιας.
12°
