Το ντοματάκι Σαντορίνης είναι μια ξεχωριστή ποικιλία που προέρχεται από την Αίγυπτο και ο τρόπος που έφθασε στη Σαντορίνη, χάνεται στον θρύλο. Λέγεται ότι το ντοματάκι το έφεραν οι καπεταναίοι της Σαντορίνης, που μετέφεραν με τα πλοία τους Θηραϊκή γη για τις ανάγκες της διάνοιξης της διώρυγας του Σουέζ.
Το ντοματάκι βρήκε στη Σαντορίνη το ιδανικό άνυδρο περιβάλλον για να αναπτυχθεί, και γρήγορα διαδίδεται ανάμεσα στους καλλιεργητές του νησιού. Αιχμαλωτίζοντας από το έδαφος και τα φύλλα των φυτών την απαραίτητη υγρασία από την ομίχλη που απλώνεται τα βράδια του καλοκαιριού σε όλο το νησί και αξιοποιώντας το μοναδικό ηφαιστειογενές έδαφος, με τα μεταλλικά άλατα και τα ιχνοστοιχεία, το ντοματάκι Σαντορίνης διαμόρφωσε τις προϋποθέσεις για τη δημιουργία της «κόκκινης βασίλισσας» με το ιδιαίτερο άρωμα και τη μοναδική γλυκιά γεύση.
Οι Σαντορινιοί το ντοματάκι αυτό το αποξήραιναν στον ήλιο κάνοντάς το «λιαστό», ή «μπελτέ» προκειμένου να το χρησιμοποιούν στην τροφή τους και τον χειμώνα, ενώ η επεξεργασία του γινόταν παραδοσιακά μόνο από τα νοικοκυριά.
Το 1926 κατασκευάζεται από τον Δημήτρη Νομικό το πρώτο εργοστάσιο επεξεργασίας ντομάτας και το Σαντορινιό ντοματάκι γίνεται το κύριο εξαγώγιμο προϊόν της Σαντορίνης, τροφοδοτώντας 14 ντόπια εργοστάσια –εξαιρετικά δείγματα βιομηχανικής αρχιτεκτονικής- που παρήγαν ντοματοπελτέ τύπου Θήρας. Ηταν η εποχή όπου 12.000 στρέμματα καλλιεργούντο με ντοματάκι και παρήγαν 7.000 τόνους ντομάτας.
Η καλλιέργεια της άνυδρης ντομάτας και η παραγωγή ντοματοπελτέ αποτελούσαν μαζί με την αμπελοκαλλιέργεια και την οινοποιία τις βάσεις της σαντορινιάς οικονομίας όλο το πρώτο μισό του 20ού αιώνα. Δείγματα εργοστασίων αυτής της περίοδου υπάρχουν ακόμα στη Βλυχάδα, στον Βόθωνα και στον Μονόλιθο. Αυτή τη μικρή βιομηχανία την κατέστρεψε ο σεισμός του 1956, αλλά και ο ανταγωνισμός που δεν τον άντεξε η χαμηλή στρεμματική απόδοση της Σαντορινιάς ντομάτας (το έδαφος και ο παραδοσιακός τρόπος καλλιέργειας της ντομάτας δίνουν περίπου 500 κιλά ανά στρέμμα, όταν η βιομηχανική δίνει 3-15 τόνους ανά στρέμμα!).
Το ντοματάκι Σαντορίνης το 2013 εντάχθηκε στον κατάλογο της Ευρωπαϊκής Επιτροπής των ΠΟΠ προϊόντων και έτσι έγινε το 101ο προϊόν ΠΟΠ της Ελλάδας, ανοίγοντας νέες προοπτικές για την ανάπτυξή του.
