Εμπνευστής του Μαραθωνίου θεωρείται ο Γάλλος φιλόλογος και ελληνιστής Μισέλ Μπρεάλ, συνεργάτης του Πιερ Κουμπερτέν, ιδρυτή της Διεθνούς Ολυμπιακής Επιτροπής και «πατέρα» των σύγχρονων Ολυμπιακών Αγώνων, στον οποίο πρότεινε κατά την αναβίωση των Ολυμπιακών Αγώνων του 1896 στην Αθήνα «την επανάληψη του διάσημου εκείνου δρόμου που εξετέλεσε ο στρατιώτης του Μαραθώνος».
Ο Μαραθώνιος μπήκε στο λεξιλόγιό μας ύστερα από την Ολυμπιάδα του 1896, εμπνευσμένος από την ιστορική διαδρομή του Αθηναίου ημεροδρόμου Φειδιππίδη που μετά τη μάχη του Μαραθώνα (490 π.χ) έτρεξε από το πεδίο της μάχης στην Αθήνα για να μεταφέρει τα νικητήρια νέα με τη λέξη «νενικήκαμεν».
Στην πρώτη Ολυμπιάδα, το 1896, νικητής της μαραθώνιας διαδρομής ήταν ο Σπύρος Λούης με χρόνο 2 ώρες, 58 λεπτά και 50 δευτερόλεπτα, σε απόσταση 40 χιλιομέτρων που δεν γνωρίζουμε πώς μετρήθηκε.
Το 1908 στην Ολυμπιάδα του Λονδίνου η απόσταση αλλάζει σε 42 χιλιόμετρα και 195 μέτρα. Το 1921 η ολυμπιακή επιτροπή αποφασίζει ότι η απόσταση θα είναι ίδια σε όλους τους μαραθωνίους, αναγνωρίζοντας επίσημη απόσταση το 42,195.
Το 1926 στο Λονδίνο τρέχει επίσημα η πρώτη γυναίκα μαραθωνοδρόμος, η Βρετανή Violet Piercy, με χρόνο 3 ώρες, 40 λεπτά και 22 δευτερόλεπτα.
Το 1935 στο Τόκιο της Ιαπωνίας σπάει το φράγμα των δυόμισι ωρών από τον ιάπωνα μαραθωνοδρόμο Fusashine Suzuki, που τρέχει τη διαδρομή σε 2 ώρες, 26 λεπτά και 14 δευτερόλεπτα.
Το 1960 στην Ολυμπιάδα της Ρώμης εμφανίζεται ο ξυπόλητος πρίγκιπας, ο Abebe Bikila από την Αιθιοπία, τρέχοντας χωρίς παπούτσια όλη τη διαδρομή και κερδίζοντας με χρόνο 2 ώρες, 15 λεπτά και 16 δευτερόλεπτα. Η Αφρική κάνει ποδαρικό στους αγώνες μαραθωνίου.
Από το 1970 και μετά οι καλύτεροι χρόνοι είναι κάτω των 2 ωρών και 10 λεπτών από μαραθωνοδρόμους διαφορετικών εθνικοτήτων.
Από το 2000 και μετά τους καλύτερους χρόνους έχουν αθλητές από την Αιθιοπία και την Κένυα.
Το 2003 στον Μαραθώνιο του Λονδίνου η Βρετανή Paula Radcliffe κάνει ρεκόρ 2 ώρες, 15 λεπτά και 25 δευτερόλεπτα.
Το 2014 στον Μαραθώνιο του Βερολίνου ο Κενυάτης Dennis Kimetto τρέχει τη διαδρομή σε 2 ώρες, 2 λεπτά και 57 δευτερόλεπτα και αρχίζει η συζήτηση για το αν μπορεί να σπάσει το φράγμα των 2 ωρών.
Πολυπληθέστεροι μαραθώνιοι είναι της Νέας Υόρκης με 51.000 συμμετοχές, του Παρισιού με 41.000 συμμετοχές και ακολουθούν Σικάγο και Λονδίνο με 40.000. Οι φίλοι των μαραθωνίων αυξάνονται καθημερινά.
Μερικές δεκαετίες πριν, ο μεγάλος σύγχρονος τσέχος μαραθωνοδρόμος Emil Zatopek, ένας από τους κορυφαίους δρομείς όλων των εποχών, είπε: «Αν θέλεις να τρέξεις, τρέξε ένα μίλι, αν θέλεις να ζήσεις μια εμπειρία ζωής τρέξε έναν Μαραθώνιο».
15°
