Σαφείς αποστάσεις πήραν οι κυβερνητικοί κύκλοι από τη θέση του Νίκου Φίλη ότι δεν πληρούνται τα επιστημονικά κριτήρια για να αποδεχτούμε τον όρο «Γενοκτονία των Ποντίων», με το Μαξίμου να αναφέρει με νόημα πως «ο καθένας έχει το δικαίωμα να διατυπώνει προσωπικές απόψεις». Η δήλωση προκάλεσε θύελλα αντιδράσεων στον πολιτικό κόσμο και στον Ποντιακό Ελληνισμό, ενώ το συγκυβερνών κόμμα των ΑΝΕΛ διαχώρισε πλήρως τη θέση του.
Ειδικότερα, από το Μαξίμου ανέφεραν χαρακτηριστικά ότι «είναι εκπεφρασμένη η θέση του Κοινοβουλίου για το θέμα της Γενοκτονίας των Ποντίων, όπως και της κυβέρνησης, παρόλα αυτά ο καθένας έχει το δικαίωμα να διατυπώνει προσωπικές απόψεις επιστημονικού χαρακτήρα». Οι ίδιοι κύκλοι άφηναν αιχμές και κατά της ΝΔ, «λέγοντας πως επιχειρούν να δημιουργήσουν θόρυβο για λόγους εντυπώσεων και σε σχέση με τα εσωκομματικά τους.»
Το ενδεχόμενο παραίτησης του υπουργού Παιδείας άφησε ανοιχτό ο υφυπουργός Εξωτερικών Γιάννης Αμανατίδης σε δηλώσεις του στη Βουλή.
Για «ήδη εκπεφρασμένη, προσωπική άποψη του Νίκου Φίλη, αναφορικά με το ζήτημα της Γενοκτονίας των Ποντίων, που πάντως δεν αμφισβητεί την επίσημη θέση της Ελλάδας στο ζήτημα αυτό», κάνουν λόγο πηγές που πρόσκεινται στην ηγεσία του υπουργείου Παιδείας, σχολιάζοντας τη θύελλα αντιδράσεων που προκάλεσαν οι δηλώσεις του υπουργού.
